Fue fundado el 1 de noviembre de 1931. Al momento de su creación por el comisario Solari y vecinos de Oberá, se determinó que además de practicar fútbol como actividad principal, difundirían y fomentarían los deportes en general, buscando vincularse con otras entidades del medio local, nacional e internacional. El club también era encargado de organizar así las Fiestas Patrias u otras fiestas. En un principio se afilió a la Liga de Posadas donde competía en el ámbito provincial contra otros clubes de los distintos poblados de Misiones, hasta que un día, indignados con las autoridades que comandaban estos encuentros, se retiró de la competencia. Sin tener rivales, se tuvo que desmantelar el Club Atlético Oberá, para así formar nuevos clubes y conformar la Liga Regional Obereña de Fútbol.
La justicia, probó que en diciembre de 2003 se fraguó una asamblea para autorizar la venta del predio. El 19 de enero del 2004 se concretó el negocio y, según constancia del Registro de la Propiedad e Inmueble, la venta fue realizada por el ex presidente del club. La motivación fue la crisis institucional y financiera, con deudas por alrededor de 170 mil pesos que enfrentaba la institución. Tras 8 años de demora quedó firme la sentencia del Superior Tribunal de Justicia (STJ) a favor del Club Atlético Oberá y la institución recuperó oficialmente la cancha y todas sus instalaciones, al agotarse los plazos para recurrir a una instancia mayor por parte de quienes hace una década tramaron la compra irregular del predio.
Luego de ganar el campeonato de la Liga Regional Obereña de Fútbol en primera división, Atlético Oberá participa nuevamente del Torneo Provincial de Fútbol de la Unión Misionera de Fútbol y se consagra en la temporada 2015 campeón al derrotar por penales en una definición infartante a El Timbo de Jardín América donde Horacio “Mono” Lindstrom fue el héroe de la tarde atajando dos penales para que el Decano diera la vuelta y festeje en su cancha ante su público. El campeonato provincial obtenido le dio la posibilidad de participar del Torneo Federal C en este 2016 donde no pudo pasar a la siguiente ronda.
